La especialidad de Carlos Fernández son las finanzas públicas y administración tributaria y financiera. Tiene experiencia en las relaciones entre el gobierno nacional y las provincias, y conoce a cada ministro de esa área en cada una de las provincias. Es considerado un hombre práctico y pragmático, y no un hombre de ideas o con grandes credenciales académicas.
El 24 de Abril, Carlos Fernández fue designado ministro de economía de Argentina, luego de que Martín Lousteau presentara su renuncia.
Carlos Fernandez fue director nacional de Coordinación Fiscal con las provincias entre 1989 y 1997, desde donde representó a la Argentina para conseguir financiamiento en el Banco Mundial y así calmar la situación de las deudas provinciales. También entre los años 1990 y 1996 tuvo un segundo cargo, desempeñándose en un programa del Banco Mundial para el desarrollo económico de las provincias.
En 1997 se incorporó al gobierno de la Provincia de Buenos Aires, dirigido por Duhalde, donde trabajaría como subsecretario de Política y Coordinación Fiscal, cargo que desempeñó durante seis años a pesar de que luego asumieran los gobernadores Ruckauf y Solá.
Carlos Fernández llegó al gobierno de Nestor Kirchner en el año 2003, ocupando el puesto de subsecretario de Relaciones con las Provincias del Ministerio de Economía.
En el año 2006, Carlos Fernández ascendió a secretario de Hacienda, puesto que le permitió tomar mas contacto con Nestor Kirchner, quien llamaba a Fernández para enterarse de la situación de la caja fiscal. En el mismo año, Carlos Fernández mantuvo una dura posición contra el FMI, organismo que estaba haciendo una habitual evaluación de las economías de los países miembros. La posición de Fernández se habría ganado aún mas simpatía de Kirchner.
Así, en 2007 Kirchner lo envió como ministro de Economía bonaerense, hasta que Scioli no lo ratificara en el puesto. Carlos Fernández volvió al gobierno nacional en diciembre de 2007 como subsecretario de evaluación presupuestaria.
El 18 de Marzo de 2008 Carlos Fernández fue designado titular de la AFIP, cargo que desempeñó por poco tiempo hasta ser designado ministro de economía.
También fue el economista que mas influencia tuvo en la elaboración del Presupuesto Nacional de Cristina Kirchner.
Carlos Fernandez es un hombre de confianza de la pareja Kirchner, considerado un técnico de perfil bajo y pragmático, con experiencia en las relaciones con las provincias y carrera en el gobierno, que no va a intentar cambios en el modelo económico. Será mas un ministro de Hacienda que de Economía.
El 8 de julio de 2009 Carlos Fernández fue reemplazado por Amado Boudou como ministro de economía. Durante su gestión, Carlos Fernández pasó prácticamente inadvertido a la opinión pública, sin haber tomado ninguna medida de gran importancia para la economía argentina.