Durante los últimos años de los noventa y hasta fines de 2001, la Balanza de Pagos se vio afectada negativamente ya que, por un lado, la cuenta corriente estaba en permanente déficit, el factor principal fueron las altas importaciones. Durante este período la variación en el nivel de actividad económica de Brasil y Chile (dos de los tres mayores clientes comerciales) afectaron positiva o negativamente sobre la demanda de exportaciones de bienes argentinos. Por otro lado, la cuenta financiera presentaba superávits (por el continuo financiamiento externo) hasta el año 2001. Por su parte las variaciones de las reservas del Banco Central de la Republica Argentina presentaban un marcado decremento en el superávit de los años 1998 y 1999, cayendo en déficit durante el 2000, 2001 y 2002 para recomponerse en el año 2003. Este mejoramiento, se debió al aumento en el nivel de actividad que se refleja en el incremento de las exportaciones de bienes.
A partir del abandono de la convertibilidad en enero de 2002, se observa un cambio en el signo de la cuenta corriente que pasa de un déficit sostenido a un superávit. El superávit de 2002 se da prácticamente por el recorte en las importaciones como consecuencia de la profunda recesión, mientras que en el 2003 se da por el incremento de las exportaciones por el mejoramiento de la actividad. La cuenta financiera entra en déficit a partir de 2001 como consecuencia de la cesación de pagos de las obligaciones con las instituciones internacionales; pero como contrapartida, se observa un marcado descenso del déficit en el 2003 de dicha cuenta.